根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条的规定，用人单位有该条规定的情形，应当向劳动者支付经济补偿，但经济补偿的计算过程中，可能会出现各种各样的特殊的情形，有些不常见的情形出现了，经济补偿到底该怎么计算呢？下面笔者就来给大家说说相关的实务问题。
一、经济补偿的计算年限。
经济补偿是按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
即计算年限分三种：一种是不满半年的，经济补偿就是半个月；第二种是半年以上的，不满一年，经济补偿就是一个月；第三种是满一年的，经济补偿每一年补偿一个月。
需要注意的是：工作年限是从劳动者与用人单位建立劳动关系开始计算，如果没有签订劳动合同的，不影响工作年限的计算，或者连续签过几份劳动合同的，工作年限应从第一份劳动合同的起始时间开始算起。
存在关联关系的用人单位，构成混同用工的，在不同的单位工作的年限需仍要连续计算的。用人单位因分立、合并、改变名称等发生没有支付经济补偿的，在变更前的工作时间仍然会计算在一起的，很多用人单位为了减少补偿，不愿意计算这一段工作期限，这是违法的。
二、经济补偿的计算基数。
经济补偿的计算基数按劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。需要注意的是，如果不满十二个月怎么办？按实际工作年限计算，如工作七个月的就按七个月平均工资计算，这一点劳动合同法没有考虑到，所以劳动合同法实施条例是有规定。
如果离职前劳动者一直在休病假怎么办？大家都知道，病假期间工资是很低的，如果按病假期间的工资平均计算，这样的情况下，工资是非常低的，这肯定不公平嘛，怎么办？这一点劳动合同法以及实施条例都没有考虑到，这个就看当地的法律实务了，像深圳地区，从公平的角度考虑，一般推算到劳动者领取正常工资的月份开始计算，这样才公平合理，小编也不知道你所在的地区是什么样的，你可以自己问问当地是怎么规定的哦！
三、关于工资的组成。
根据原劳动部《工资总额组成规定》，这里的工资是指劳动者的应得工资，包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资、特殊情况下支付的工资。很多用人单位在劳动者离职时支付经济补偿，有的按最低工资，有的按基本工资。这是不符合法律规定，如果没有特殊的约定，劳动者工作期间的工资都应当支付。
四、关于经济补偿的限制。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资的三倍的，向其支付经济补偿的标准职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
从条文意思来看，限制是两方面的：一是数额限制，即最高不超过上年度职工月平均工资的三倍，超过部分不计算；例如，劳动者月工资是20000元每月，当地市级人民政府公布的，上年度职工月平均工资6000元每月，则经济补偿的计算基数最高是18000元，超出的2000元部分则不计算。二是年限限制，即劳动者工作年限如果超过12年的，则最高按十二年计算十二个月工资。
五、经济补偿的过渡期
根据《中华人民共和国劳动合同法》第九十七条规定，本法施行之日存续的劳动合同在本法施行后解除或者终止，依照本法第四十六条规定应当支付经济补偿的，经济补偿年限自本法施行之日起计算；本法施行前按照当时有关规定，用人单位应当向劳动者支付经济补偿的，按照当时有关规定执行。
即： 2008年1月1日劳动合同法实施前签订的劳动合同，在2008年1月1日后解除或终止的，经济补偿金应分段计算；2008年1月1日后的经济补偿，按劳动合同法的规定计算，2008年1月1日前的经济补偿要根据当时的法律法规确实。但是，一般情况下，除特定的情形外，2008年1月1日前的经济补偿就没有经济补偿的。
六、经济补偿是否需要支付个人所得税。
根据《财政部国家税务总局关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》（财税[2001]157号）的规定，个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入，其收入在当地上年度职工月平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税。超过部分按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》（国税发[1999]178号）的有关规定，计算征收个人所得税。
